La acuicultura comparte con todas las demás actividades productoras de alimentos los problemas del desarrollo sostenible. Casi todos los acuicultores, como los agricultores, constantemente buscan formas y medios para mejorar sus prácticas de producción, hacerlas más eficaces y rentables. Ha aumentado mucho la conciencia de los posibles problemas ecológicos. Se están realizando esfuerzos para mejorar la capacidad humana, el aprovechamiento de recursos y la gestión ambiental en la acuicultura.
La acuicultura integral ofrece una variedad de beneficios a los agricultores, además de la producción de pescado para consumo propio o para venderlo. En Asia, por ejemplo, los productores de arroz utilizan ciertas especies de peces para combatir plagas de este cereal, como el caracol dorado. En el cultivo de arroz, la acuicultura incrementa mucho las cosechas y proporciona pescado. Gracias al Programa Especial para la Seguridad Alimentaria (PESA), de la FAO, en Zambia unos campesinos han introducido pequeños estanques en sus huertos caseros para obtener riego y criar peces. El limo del fondo de esos estanques también es un fertilizante orgánico con abundantes minerales. En la acuicultura extensiva tradicional, los peces se pueden criar en aguas libres, como en los lagos, estuarios o bahías de las costas, donde se alimentan de los elementos nutritivos disponibles, o bien en estanques, donde es posible alimentarlos con residuos agrícolas. En China, tradicionalmente se crían juntas más de cinco especies de carpas para aprovechar al máximo los alimentos y los estanques.
El fomento de la acuicultura sostenible exige crear y mantener 'ambientes favorables', en particular los dirigidos a asegurar el desarrollo y fortalecimiento constantes de las capacidades de los recursos humanos. El Código de conducta para la pesca responsable, de la FAO, contiene principios y disposiciones que apoyan el desarrollo de la acuicultura sostenible. El Código reconoce las necesidades especiales de los países en desarrollo, y su artículo 5 se ocupa específicamente de estas necesidades, sobre todo en los ámbitos de la asistencia financiera y técnica, la transferencia de tecnología, la capacitación y la cooperación científica.
El reto consiste ahora en lograr que siga aumentando la pesca para satisfacer las necesidades cada vez mayores de proteínas de una población mundial que no deja de crecer, a la vez que se permita recuperarse a las poblaciones de peces explotados en exceso y se evite que otras especies se incorporen en la lista de éstos. Se trata de un gran desafío.
La acuicultura es el sector de producción alimentaria que está creciendo más aceleradamente en el último decenio, y tiene muchas posibilidades de seguir expandiéndose. Se ha demostrado que la acuicultura y la pesca continental ha sido y seguirá siendo importante para la nutrición humana y para mitigar la pobreza de muchas zonas rurales, mediante los sistemas agrícolas integrados que incorporan la acuicultura con los cultivos y utilizan masas de agua pequeñas y medianas. La acuicultura además afronta el problema del desarrollo sostenible. Para reducir las repercusiones de la acuicultura en el medio ambiente y evitar los efectos de otras actividades, debidos a una gestión deficiente, hace falta empeñarse en mejorar el aprovechamiento de los recursos y lograr una ordenación ambiental apropiada. Con todo, es probable que las prácticas extensivas y semiintensivas sigan siendo por un tiempo las más importantes.
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